Если земля общая у компа и +12.

Если земля общая у компа и +12.
Подайте эти +12 через диод на 12 ногу TL494 и переделайте подключение 4 ноги по аналогии с "SHIDO ATX-250(TL494, LM339).png"
R41 не нужен, а левую ногу R38(увеличив его сопротивление) подключаете к Вашему +12

Модернизация компьютерного БП АТ