Диод присутствует в мосфете такой структуры как данность

Диод присутствует в мосфете такой структуры как данность (побочный продукт технологии производства)

шунтируют транзистор диодом Шоттки , как более быстрым, чем встроенный.
Так-же выпускаются полевики со встроенным диодом Шоттки.

В случае, когда демонтаж диода помог, скорее всего играет роль то, что диод открывался раньше, чем нижний ключ и нарушал работу преобразователя.

Повышение стабильности.