Решил проблему. Всё таки в БИОС дело

"Решил проблему. Всё таки в БИОС дело было. Заходим в пункт меню POWER Management Setup, далее в подменю PM Wake Up Events и устанавливаем пункт Resume By PCIPME в Disable.
После этого всё выключается нормально."

В общем вы решили проблему частично, т.к. все равно проблема в ITEшном мульте, это 100%. Потому что даже если "Resume By PCIPME" стоит в Enable, она не должна себя так вести. Надеюсь, плата проработает еще с годик.
Еще бывает при таких же симптомах с "не выключением" отваливаются COM и LPT порты. В диспетчере устройств они под знаком вопроса.

ECS 648FX-A2 не выключается нормально