Ставьте FreeBSD, никаких проблем быть не должно. Только

Ставьте FreeBSD, никаких проблем быть не должно. Только root раздел
(и просто для страховки swap) уместить в пределах первых 8GB.

Не уверен, но С W2000(SP4) проблем также не должно быть, только не
пользуйтесь сторонними утилитами работающими через int13h.


Диск C: так же желательно не больше 8GB.

8Gb ограничение на root / или C: из-за того что диски более 128GB по
C/H/S отдают 8GB. Начальная загрузка(до подключения IDE драйвера)
происходит через int13.

Другое дело что диск будет сильно ограничен в скорости ~25MB/s
(у Вас судя по всему UDMA 33 контроллер PIIX4), тогда как такой диск
обычно обеспечивает не менее ~60MB/s. Лучше использовать PCI
контроллер, например Promise Ultra 133 TX2.

И еще: для сервера желательно использовать слотовый Pentium2/3, а не Celeron.