Да, можно. Нужно написать свой а-ля SCSI bios.

Да, можно. Нужно написать свой а-ля SCSI bios. Только вот зря вы с этим. Нет ISA и не будет.
Если же чуть развить идею, то станет ясно, что проще и правильней тогда уж просто банально пользоваться одним из существующих PCI-контроллеров. Чем они не удовлетворяют?

Можно ли сделать ISA-IDE контоллер с собст SCSI BOOT биосом?