Да, согласен и с советами и с частотой

Да, согласен и с советами и с частотой PCI. Память точно не при чём. Я бы копал в сторону отключения кеша L2\3. А потом, если не поможет уже перейти к более кардинальным процедурам, типа описанных FantomAss. И почему apple_rom сразу не послушали?

Lucky Star 5MVP3 не работает на 100 Mhz шине.