В порядке эксперимента советую поиграться с опциями setup-а

В порядке эксперимента советую поиграться с опциями setup-а PNP/PCI Configuration. У меня (в 9x-ME, не знаю, имеет ли это значение для NT/2K/XP) при некоторых глюках с ресурсами несколько раз (на разных платах) помогала установка PNP OS Installed = No (заставляет BIOS самостоятельно производить настройку и распределение ресурсов PNP-устройств, не надеясь на ОС).

Какой у Вас биос (Award, AMI и т.п.) и версия? Отображается ли у Вас биосом перед загрузкой системы список PNP-устройств с назначенными irq? Если да - какой irq назначает биос контроллеру USB?

И не стоит ли у Вас старых ISA карт?