Некоторые матплаты штатно не включаются без процессора

Некоторые матплаты штатно не включаются без процессора:). Как спроектирована схема в вашем случае - сказать без отслеживания сложно.
Привязка сигнала SKTOCC# к процессу запуска обусловлена тем, что запуск без процессора не имеет особого смысла (в штатных ситуациях, конечно же:)).