Не правильно. 3 вывод - VREF. Референсное питание,

Не правильно. 3 вывод - VREF. Референсное питание, формируемое самой микросхемой, которое может использоваться для внешних цепей, а может только для внутренних. Один из показателей работы ШИМа.
1. Для включения VREG3 (8 нога) и VREG5 (17 нога) обычно требуется наличие питания на 16 ноге и разрешение на выводе EN (13 нога).


2. Разрешение на работу основных источников 3,3в и 5в используют коммутацию ног 1 и 6 (ENTRIP1, ENTRIP2). Там несколько вариантов, смотрите описание в документации.

Проблемы на данный момент:
- нет запуска LDO от зарядника, хотя условия запуска есть;
- 2 Ома на +VBAT. Надеюсь, со снятой батареей. Еще раз повторю - если +VBAT звонится на землю (2 Ома), то течет большой ток и АКБ разрядится, и про пиротехнические эффекты я уже говорил. Так что здесь вижу нестыковку. Транзистор PQ9207 проверялся выпаиванием?

На мой взгляд стоит сначала разобраться с этим КЗ. Проверить всю цепь, если сняли подозреваемый элемент, а он нормальный и КЗ не ушло - не торопитесь его ставить на место. Ищите дальше. Возможно имеет смысл использовать для поиска ЛБП с небольшим напряжением (3в -5в) и ограничением по току в 1-2А. И проверять термопальцами, где будет греться.