При таком варианте вопросов не возникает, так

Цитата:
У меня установлен в MBR загрузчик, который позволяет задавать логическую последовательность разделов на диске, и загружать с заданного раздела

При таком варианте вопросов не возникает, так как сдается мне, что Ваш bootsect.dos вообще к загрузке 98 или ME отношения не имеет.

Bootsect.dos
  • Набрел на тулзу, специально предназначенную для создания сабжевого
  • Можно воспользоваться и тулзой из WinNT Resource Kit