Можно начать с того что файл прошивки это

Можно начать с того что файл прошивки это (грубо говоря) большой архив и изменение одного байта в оригинальном/неупакованном файле вызывает непредсказуемые изменения в файле архива (применительно к Вашему случаю).

Программа AMIBCP помимо всего прочего сохраняет время упаковки прошивки (очевидно этого требует формат AMI БИОС) - отсюда и Ваше недоумение по поводу различий в упакованных файлах прошивки.