Возможно умирает служебка жёсткого диска. Из-за

Возможно "умирает" служебка жёсткого диска. Из-за долгочитаемых секторов в служебке винт не успевает ответить... Или может связано с раскручиванием шпинделя...

Согласен с savely, проверьте время инициализации и, по возможности, увеличьте... Как вариант: проверить как себя ведёт винт с другими матерями.

А что говорить смарт? было бы интересно глянуть...