Того и другого :).

Того и другого.

1. Если внимательно почитать название темы, то возможно (хотя не факт) вы заметите, что речь шла о флешке с параллельным интерфейсом. У вас флешка с интерфейсом SPI. Это к вопросу о влезании в слегка неподходящую тему.
2. У вас имеется только флешка? Или же эта флешка используется в каком-то устройстве? Если флешка используется в устройстве, то давно можно было упомянуть это устройство.

Выше я уже писал об этом - автор темы прошивал флешку не как отдельный объект, а в составе устройства. Причем флешку он скорее всего прошивал не полностью, т.к. в подобных случаях обычно во флешке используется несколько зон: одна зона для bootloader'а (не перешивается), а вторая зона - для основной прошивки (перешивается вышеописанным способом, но мелкие нюансы действий зависят от конкретной модели устройста - в одном случае сетевое подключение может использоваться для загрузки основной прошивки, а в другом случае основная прошивка может передаваться с помощью того же UART).

1. RS-232 напрямую не стоит подключать - уровни сигналов не подходят. Как я уже упоминал выше для согласования уровней подключается преобразователь уровней.
2. Непосредственно к флешке подключаться практически бесполезно, т.к. эмуляция SPI с помощью bitbang'а по RS-232 требует соответствующего ПО и получается довольно медленной.
3. Для прошивки флешек с интерфейсом SPI есть относительно простые программаторы на основе LPT (zaiganpc как раз посоветовал один из них). Их основная проблема (без учета проблем с LPT) может заключаться в неполной поддержке относительно "свежих" флешек.