Не, я так понимаю - родной контроллер задизейблен

Не, я так понимаю - родной контроллер задизейблен и MarK c интеловскими VID/DID надеется, что BIOS его поделку примет за чипсетный контроллер. Но тут столько засад, что я даже не знаю...

А так - да. Кошерный путь (для загрузки) известен - написать Addon BIOS.

P.S. Начиная от того, что родной контроллер - это не "мост PCIe-IDE", насколько я помню.
Дизайн откуда взялся? До какого момента это Xilinx-овский дизайн?

P.P.S. Но сразу скажу - я не FPGA-шник. Так, краем глаза.

Котроллер SATA в режиме эмуляции IDE.