А теперь еще раз просмотрите, как идет 12-и

А теперь еще раз просмотрите, как идет 12-и вольтовая дорожка. Тот кусок, что на фото - точно провод толще брать, чем 0,07мм. Отгореть могла и дальше. И проверить, что действительно и с чем Вы соединили, когда пошел дым. И дальше по PCI пройдитесь, 12 вольт и на них приходит.
Чудес не бывает, и если нет КЗ по 12в в AGP слоте, то и подача на A1 AGP 12 вольт напрямую, да еще если в AGP ничего не вставлено не приведет к пиротехническим фокусам. Вообще ни к каким.
P.S. Надеюсь, что Вы не воткнули опять в AGP карту, из-за которой дорожка сгорела.

Сгорела материнка ASUS P4P800-VM