Нет, не удалится. И лучше форматировать в FAT

Нет, не удалится. И лучше форматировать в FAT (FAT16). Некоторые плееры не понимают FAT32. NTFS - не стОит. Микропрограмма не доступна пользователю. На этапе вывода заставки плеер как раз пытается просмтотреть свое содержимое. А что уж там ему, глупому, разобраться в твоих файлах, когта ты САМ не понимаешь, что там!)))
Скорее всего, плеер как-то голюнуло неудачно, и он испортил заголовки файлов. Размер, отображаекмый Виндой - не фактически занимаемое место, а только цифирька, записаная в заголовке файла, понимаемая системой как размер.