две мыши одновременно никто юзать не будет. поэтому

две мыши одновременно никто юзать не будет. поэтому просто не парить мозг и переключать настройки автоматически (по идее если завести для каждого юзера отдельную учетную запись со своими настройками, то все будет ОК, но надо проверять) или ручками.
из извращений - расфигачить мышку, посмотреть на топологию платы и инвертнуть кнопки...
еще вариант - не юзать долбаный виндоус.