с чего начинать? С FreeBSD или Linux? А

с чего начинать? С FreeBSD или Linux? А с того, с чего есть возможность и, как правильно сказали, по чему есть знакомые спец.

А по линуксу очень рекомендую хорошую книжку, уже появившуюся в 5-м издании:
ebookshare.net/2006/02/15/oreilly-running-linux-5th-edition/
качнуть можно с помощью uTorrent

либо можете попытаться поискать альтернативные серваки с помощью поисковиков (гугль по запросу "O'reilly Running Linux 4th Edition pdf" выдает кучу ссылок на 4-е издание книги на всяких веб-серваках)