Аккуратно вычислить, ГДЕ ИМЕННО располагаются эти тормозные

Аккуратно вычислить, ГДЕ ИМЕННО располагаются эти "тормозные" участки (уверяю Вас, несколько раз пройдясь по ним с MHDD, Вы наверняка получите разное их количество и разное размещение. Возможно, будет зависимость и от времени работы винчестера с момента включения). Значит, получится ОБЛАСТЬ.

Далее:

1. Разбить диск на два логических с дыркой в середине, попадающей именно на эту область.
2. Копить деньги на другой винчестер.