Мои 5 копеек: 1) 3 винта сразу может элементарно

Мои 5 копеек:
1) 3 винта сразу может элементарно не тянуть блок питания, особенно производства какого-нибудь "дедушки Ляо и Ко". Проверить - исчезнут ли глюки при подключении только одного винта.

2) Защиту MBR в биосе (Anti-virus или Boot sector protection) - выключить.