А еще можно поэкспериментировать с master-slave на HDD

А еще можно поэкспериментировать с master-slave на HDD и CD
(в т.ч. если они стоят на разных каналах).

Также не исключен плохой контакт в разъемах IDE (если шлейфы Вы меняли). Может, непропай какой?