Да , именно так, но если бутблок старый,

Да , именно так, но если бутблок старый, то он таки не знает про start.tmp Я так понял, что бутблок написаный APPLE_ROM понимает загрузку старт.тмп , а затем и оригинал.тмп, а если нажата клавиша "-" или отсутствует клавиатура, то грузится просто оригинал.тмп.
У меня аналогичная проблема, не могу заставить работать пропатченый биос на П2-450. Хочу убедиться в стабильности на старом камне, а потом уже на Туалатин перейти. Но пока безрезультатно...
По поводу дисковода:


похоже на то, что на Акорпе был другой чип ФДД+ЛПТ+КОМ+КМОС.
Мог быть от WINBOND, а у твоей мамки допустим от ALI или от OTI.
Естесственно, что КМОС попадает на нужные адреса, а вот контроллер дисковода надо сначала настроить, а регистры по значению не совпадают...