у меня был случай - плата гигабайт на g31 чипсете видела флешку в винде, только если флешку вставить в выключенный комп, включить его и загрузить винду. При загруженной винде вытаскиваешь флешку и вставляешь в тот же порт - и уже не видит до следующего выключения компа.
Использовал pci usb контроллер.
у меня был случай - плата гигабайт на g31 чипсете видела флешку в винде, только если флешку вставить в выключенный комп, включить его и загрузить винду. При загруженной винде вытаскиваешь флешку и вставляешь в тот же порт - и уже не видит до следующего выключения компа.
Использовал pci usb контроллер.