Думаю, ничего. Появятся доп. гигабайты неразмеченного места. При

Думаю, ничего. Появятся доп. гигабайты неразмеченного места. При условии, что геометрия изменится только в кол-ве цилиндров.
Запиши старые параметры при автодетекте, переставь джампер, автодетектни снова. Если кол-во сторон и голов не изменится, а изменится только кол-во цилиндров - все отлично. Если изменится - проще будет переразбить его.