Не стоит включать многофазный понижающий преобразователь с

Не стоит включать многофазный понижающий преобразователь с отсутствующим транзистором в верхнем плече одной из фаз. Если хочется понять, почему именно недьзя так делать, то можете попробовать нарисовать переходной процесс для момента закрытия транзистора в нижнем плече той же фазы (при сильном желании можно полюбоваться на ваши же картинки:)).
Т.е. для исключения фазы из работы преобразователя нужно выпаивать все транзисторы, относящиеся к этой фазе.



По поводу напряжения на затворе - внятно изложите методику измерения (в частности, какие именно сигналы анализировались и относительно какой точки схемы). При отсутствии транзистора в верхнем плече не будет работать bootstrap'ная цепь, например. Да и экспериментами с отсутствующим транзистором могли печально сказаться на драйвере верхнего плеча.