Тогда это точно подтяжка к 3.3V(скорее

Тогда это точно "подтяжка" к 3.3V(скорее всего внутренний
стабилизатор реально будет давать 3.4-3.5V).

Я посмотрел свои платы на BX. Наиболее подобной показалась
плата Atrend ATC-6240. На ней тоже есть 7407, однако соединения
к сожалению отличаются.

Часть резисторов "подтяжки" к 3.3V имеют номинал 2.7Kom, часть 8.2KOm
(как и на Вашей).Однако цепи с конденсатором(припаянным или
неприпаянным) не обнаружил.

Для страховки предлагаю установить резистор номиналом 3.3-4.7KOm.
Номиналы резисторов "подтяжки" обычно не особо критичны.