Возле PCI-Ex16 имеется еще один стабилизатор, который

Возле PCI-Ex16 имеется еще один стабилизатор, который вы обошли своим вниманием.

По осциллограммам - осциллограф у вас плохо справляется с высокочастотными составляющими. Сигнал на SO вполне может быть таким.