Он точно использует внутреннюю флешь, рядом с контроллером

Он точно использует внутреннюю флешь, рядом с контроллером ничего нет?
Ну и программатор надо понимать поддерживает эти микросхемы и ничего не напутано.
И как уже было замечено в самом начале, если бы проблема была в прошивке KBC, то бук бы кирпичем прикидывался.