Нет, только этим. Ну и меньшее количество поддерживаемых

Нет, только этим. Ну и меньшее количество поддерживаемых микросхем у упрошенной версии (тех, которые должны подключаться через ICSP, например - AT45DBxxxx.
Вы же и сами можете просмотреть список отличий, он не секретный - minipro-ua.com/Download/Suport_v5.91.txt