Действительно, цены на чипы, матрицы и прочее -

Действительно, цены на чипы, матрицы и прочее - это Ваша внутренняя калькуляция.
Вы оказываете услуги а не торгуете. У Вас есть прайс, в котором расписано, какая работа сколько стоит, и это - окончательная цена с учетом цены деталей, труда, аренды, аммортизации оборудования и т.д. И чек Вы выдаете о получении денег за оказанные услуги.


В таком варианте отношение с налоговой - уплата налогов относительно этих чеков (квитанций).
И нечего выдумывать дополнительные трудности.
P.S. Работники в налоговой видно везде одинаковы. Редко встретишь грамотного. Часто даже кодекс не знают. Их этим не обидеть. Вы смотрели им в глаза? - там пусто, ничего нет.:)