Делаете загрузочный флоппик, кидаете туда файл autoexec.bat внутри

Делаете загрузочный флоппик, кидаете туда файл autoexec.bat внутри которого должны быть указаны имя файла прошивальщика + параметры, в общем, то же, что вы бы и набирали сами в коммандной строке, только записываете это в батник.