ну поставишь ты этот контроллер. да там действительно

ну поставишь ты этот контроллер. да там действительно свой конфигурационный биос (если ничего не путаю, то у некоторых даже рейд на нём можно организовать)
набортный отключать необязательно, твой сядет на своё прерывание.
и если я не ошибаюсь работу о дисками он не ускорит поскольку весь поток данных упрётся в пропускную способность твоей PCI-шины