Дык ежели 12В высаживается до трёх и БП

Дык ежели 12В высаживается до трёх и БП всё равно продолжает работать, то его и копайте - это явно ненормально.
По поводу материнки - Вы точно нашли все убитые транзисторы и проверили драйверы/ШИМ?