А из-за чего еще? Да и не вижу

А из-за чего еще? Да и не вижу я проблемы... Фича. Возможно оно просто так устроено.

А если выключить ACPI (ACPI Function - disabled) - что будет? Заодно проверить подключение передней панели и джампера типа J12 и USB-шные на WakeUp.
Предваряя вопрос - мануал тут
elhvb.com/mobokive/archive/Qdi%20-%20Legend/manuals/index.html#IDKINETIZ_7B-


А красный диод после штатного выключения из Win - долго горит или сравнимо с временем разряда конденсаторов?