Если автор собирается не использовать

Если автор собирается не использовать USB порты, то ничего с выводами этих портов делать не нужно.
Отключение USB в BIOS Setup - по желанию, т.е. от этого ничего не изменится.
Стабилитроны/защитные диоды по питанию USB тоже не имеют смысла, т.к. в случае проблем с питанием (+5V или +5VSB) обычно имеются проблемы с остальными устройствами на матплате.