Не всегда, но весьма часто. При наличии

DarkProg писал(-а):
далеко не всегда после интенсивного пролечивания и залатывания ОС, она начинает нормально функционировать

Не всегда, но весьма часто. При наличии прямых рук, LiveCD и прочего. Потому как руткиты из зараженной системы не то что выкорчевать - порой даже найти сложно.
Неподъемный случай - это разве что когда винда полностью свалилась, грузиться ни в каком виде не хочет, и даже обновление поверх не спасат.

DarkProg писал(-а):
а про защиту лиценз софта так это можно целую книгу накатать особенно если в процессе чистки зацепили реестр и что-нить из ситемного...

Да при любой чистке вирусов реестр "цепляется". Как и при установке любого софта и т.д.

KoCM писал(-а):
Да отключал от сети.

Ну так с LiveCD автораны на прочих дисках почистить... Скорее всего оттуда и лезет.