Насчет перестановок - см. документацию на флэшку. Вполне

Насчет перестановок - см. документацию на флэшку. Вполне возможно, что она умеет работать и в 8-битном, и в 16-битном режиме. При этом скорее всего порядок байтов как раз и изменится.
Касательно что делать с BIN-файлом - а есть какие-нибудь альтернативные варианты сохранения файла образа софтом программатора?