Посмотрите микросхему ШИМ или супервайзера, если есть,

Посмотрите микросхему ШИМ или супервайзера, если есть, и даташит на них. Встречаются блоки с раздельным контролем линий +12В. Возможно трабл кроется в обвязке одного из каналов контроля.