Слет ФС и потеря данных в следствие этого

Слет ФС и потеря данных в следствие этого может быть вызвана не только проблемами диска, но и глюками другого железа. Такое порой происходит из-за глюков памяти и переразгона. Так что советую этот вариант тоже проверить. А то, что NTFS в любом случае более устойчива к разным катаклизмам, чем FAT Вы сможете убедиться сами.