Надо бы уточнить модель материнки. Ну и расписать

Надо бы уточнить модель материнки. Ну и расписать подробней, что значит "не хочет работать с дискретной видяхой". Не обязательно может быть проблема в питании AGP. Вполне возможно банальная "несовместимость" конкретной видеокарты. Для vddq AGP 8x стандартное напряжение 1,5 В. Измеряется это напряжение, обычно, на истоке рядом стоящего с AGP слотом мосфета стабилизатора.