1) Для реальной оценки работоспособности bootblock а желательно

1) Для реальной оценки работоспособности bootblock'а желательно иметь n-канальный запоминающий осциллограф (n зависит от интерфейса флешки), об анализе я уже не заикаюсь. С обычным двухканальным осциллографом можно поглядеть, есть ли обращение к флешке, есть ли ответные данные, по каким диапазонам адресов происходит обращение (зависит от интерфейса).
2) Прошивается та микросхема, которая выбрана в данный момент (CS)


а) Не наблюдал подобных опций во флешерах. IMHO backup-BIOS по своей сути не должен перешиваться достаточно простыми методами (т.е. с помощью программного доступа).
б) Если целостность main-BIOS нарушена, то кроме переключения на backup-BIOS необходимо либо автоматически восстановить main-BIOS из backup-BIOS, либо продолжить работу с выдачей пользователю сообщения о проблемах. Как это реализовано в конкретной плате сказать трудно.