Для прошивки SPI -флэшей хотсвопом - они

Для прошивки SPI-флэшей хотсвопом - они должны быть одинаковыми. Или "по-умному" - они должны иметь один и тот же BIOS ID.

Это (как правило) не решается никакими ключами, т.к. (как правило) SPI-микросхемы шьются через SMM, куда на этапе POST копируется процедура прошивки для той микросхемы (её BIOS ID), с которой грузилась данная материнская плата.