наибольшей проблемой на мой взгляд является возможность случайной

наибольшей проблемой на мой взгляд является возможность случайной записи определенным приложением (это возможно и под нт с помощью нехитрых манипуляций) по адресу памяти где в данный момент находится открытая для записи флэш. про подвисание я уже не говорю.
п1. не обязательно получать эксклюзивный доступ ко времени процессора - хотя это зависит от типа флэшки - поддерживается блочная или по-байтная (словная) запись; но с помощью драйвера даже тут можно перестраховаться - повысив свой IRQL
п2. тоже не самое сложное - сложнее работать с разным железом

чем более сложна система, тем менее она надежна...шить биос желательно в условиях высочайшей безопасности - выводы за вами...

Award WinFlash: обновление BIOS в среде Windows-реальность?