1) Микросхему, содержащую BIOS, можно классифицировать как flash

1) Микросхему, содержащую BIOS, можно классифицировать как flash memory, хотя в прошлом использовались EPROM и EEPROM. Использовать микросхемы в корпусах QFN или TQFP вместо микросхем в корпусе PLCC32 нерационально (почему - сами догадаетесь). И где вы видели flash memory в корпусах QFN или TQFP в широком доступе и недорогую?
2) Что в данном случае подразумевается под одинаковыми наборами микросхем: только чипсетная связка или все микросхемы на плате? Если чипсетная связка, то BIOS'ы можно считать ограниченно взаимозаменяемыми; если все микросхемы на плате, то это одна и та же модель, выпускаемая разными производителями, соответственно, практически полная взаимозаменяемость.
3) Если вы загляните на любой оф. сайт любого производителя матерей и посмотрите раздел download'а по одной из моделей, то вопрос отпадет;).

P.S. Вопросы были исключительно теоретическими?