простите Svoloch - некоторое в вашем 1 посте

простите Svoloch - некоторое в вашем 1 посте я пропустил
но вернемся к варианту - разобраться

-убрать с автозазгрузке все / проверить пк на вирусы / и адваре
-перегрузиться / лучше пару раз
-убедиться что ничего лишего не появляеться в памяти
-проверить не уходит проблема (ушла гудд- не ушла - идем дальше)
-грузимся в безопастном режиме (опять файл автоехес.бат поменялся? или нет?
-если в безопастном все ок - разбираться надо что грузиться и что за приложение меняет файл
-(чисто теоретически) - искать какой нибутьфайловый монитор с командной строки - который весить в автозагрузку и он сможет записать - что за процес / приложение изменила файл

вот только незнаю сколько времени вы на все потратите ;((
так что еще вопрос - что будет геморойней - написать батник и впихнуть его в автозагрузку
или искать приложение которое меняет