Рассказанное Вами - это траблы не с Биосом.

Рассказанное Вами - это траблы не с Биосом. И память от подключения CD не дохнет.

Из Вашего сообщения так и непонятно, память и CD где не видны - в Биосном загрузочном окне или в Виндозе ?

А вообще, Виндоза 98-я очень часто не находит самостоятельно Secondary IDE, если на нем ничего не подвешено. Найдя его, срочно ищет еще пяток девайсов, на которые раньше не обращала внимания. Это - ее нормальное стандартное поведение, особенно если к мамке были поставлены не все или не родные драйвера. Вы еще с ASPI-режимами поиграйтесь...