ИМХО, не лечится, а является особенностью работы

Цитата:
первая половина получающегося БИОСА затирается FF. Что делать?

ИМХО, не лечится, а является особенностью работы AMIшных утилит с сильно сервачными или брендовыми биосами (коими являются, например, все SuperMicro и Iwill'ы)
Цитата:
Досовкие пишут, что контрольная сумма неверна

правильно. Потому что досовские версии утилит рассчитывались на более старую версию ядра АМИ. А тут движок AMI 8. Т.е. надо юзать виндовые версии утилит.

В принципе, можно рискнуть и попытаться зашить уполовиненный БИОС, но только при наличии возможности отшиться и/или запасной флешки.