1) Если винт подключен в RAID-разъем и

1) Если винт подключен в RAID-разъем и 80-жильным кабелем - должно быть UDMA66 или даже 100. Естественно, подключать аккуратно и не перегибать - жилки в них ломаются легче легкого, а это потом выражается в разнообразнейших глюках.
2) Если винт подключен в RAID-разъем и 40-жильным кабелем - должно быть UDMA33 и не больше.
3) Если винт подключен в обычный разъем и без разницы каким кабелем - должно быть UDMA33 и не больше.

А насчет как работает контроллер - если я правильно понял вопрос: RAID-контроллер работает сам по себе, независимо от встроенного в чипсет. Только и разницы от отдельной карточки, что PCI-слота не занимает.