Немного не понял вопроса. Я предложил объяснение,

Немного не понял вопроса. Я предложил объяснение, как конкретная неисправность может вызывать те эффекты, которые наблюдаются по факту.
1. Радикальный путь - купить другую плату.
2. Половинчатое решение - запитать батарейку через выключатель, вывести на лицевую панель системника и перед каждым включением делать clearCMOS.
3. Принципиальный путь (в духе этого сайта) - зашить БИОС в другую флешку и проверить с ней. Если исходить из неисправности флешки (что не более чем гипотеза), то можно предположить, что сбоит она не вся, а только некоторые биты. В случае с одними планками в них что-то пишется, а в случае с другими - не пишется (ну или пишется то, что потом псевдоправильно читается). Это правдоподобно, ибо если бы микросхема сбоила вся, то из нее основной код биоса не читался бы и машина совсем не грузилась.