Не перемкнут. Лишние контакты - GND.

Цитата:
Не перемкнут ли лишние контакты что-нибудь в разъеме PCI на материнской плате?

Не перемкнут. Лишние контакты - GND.

Цитата:
И еще - каким образом материнка P5K определяет, что в нее вставлена не совсем подходящая плата расширения?

По ключу. Если есть ключ (вырез) - контакты "висят", если нет - GND.

Цитата:
Покупал ее году в 2006_м в магазине, и мне как-то странно, что тогда в продаже оказалась плата столь древнего стандарта.

Да, визуально она 2.0/2.1. Но не факт, что она 2.1. Грубо говоря, отличие в том, что в PCI 2.2 на шине появилось обязательное питание 3.3V и еще один ключ, указывающий, что плате нужно 3.3V.
При этом на этот ключ забили все. Реально сейчас практически все платы "универсалки" (3.3V + 5V), но ключ 3.3V китайцам пилить лень.

В общем - я не вижу повода для опасений.